Hasta ahora la tradición oral de los habitantes de Cubas nos había hablado tanto de su existencia durante la dominación árabe (s. X), siendo reconquistada por Alfonso VI durante su marcha a Toledo, como de su primitivo nombre de Fuentes Claras.
Gracias al reciente descubrimiento de restos arqueológicos en el Yacimiento Camino de Santa Juana, podemos afirmar que Cubas ya existía en época romana, e incluso se han hallado materiales pertenecientes a la Edad del Bronce.
El primer dato documentado sobre Cubas que se conserva está fechado en 1208 y firmado por Alfonso VIII. Se refiere a la segregación de tierras de Segovia de las de Madrid entre las que se encontraban Cubas y Griñón. En el siglo XIV Cubas se irá sucediendo entre su adscripción a Madrid y su pertenencia a un señorío nobiliario. Sabemos que en 1374 el caballero toledano Don Juan Ramírez de Guzmán pierde su señorío sobre Cubas al ser sus bienes subastados y adquiridos por el Concejo madrileño.
A principios del siglo XV Enrique III le otorga la condición de Villa, pero en 1445 Juan II regala la Villa a su pariente Don Luis de la Cerda, que la vende dos años más tarde a Alfonso Álvarez de Toledo. Los descendientes de este nuevo señor mantuvieron pleitos constantes entre el señorío y el Concejo de Madrid, de manera que tuvieron que intervenir los Reyes Católicos.
En 1449 tuvieron lugar las apariciones de la Virgen a la pastorcita Inés. Primero se construyó una Ermita en el lugar y más tarde una casa para religiosas. Este hecho da fama al pueblo y atrae a numerosos visitantes a lo largo de los siglos hasta nuestros días.
A lo largo de los siguientes siglos Cubas sigue siendo señorío, pasando a manos del Marqués de Povar, casado con la Marquesa de Malpica en el siglo XVII. También en este siglo, gracias a la donación de unas casas por el Doctor Sepúlveda, se funda el Convento de los Capuchinos.
Durante los siglos XVII y XVIII las epidemias, las guerras y la emigración hacen descender notablemente la población. Las reformas políticas y administrativas que traen la llegada de los Borbones no ayudan a la población campesina que trabaja las tierras arrendadas de los señores y de la Iglesia.
La abolición de los señoríos decretada en las Cortes de Cádiz convierte a Cubas en 1813 en un municipio libre. En 1808 las tropas francesas habían saqueado el pueblo y sus edificios religiosos. En este mismo siglo XIX, con la Desamortización de Mendizábal, desaparece el convento de los Capuchinos y gran parte de los bienes de la Iglesia salen a subasta. Estos los adquiere sobre todo la burguesía madrileña.
En 1862, la reina Isabel II concede el Marquesado de Cubas, sin vinculación al pueblo, a María Blanca Fernández de Córdoba, siendo el actual Marqués de Cubas Carlos Falcó y Fernández de Córdoba.
En el siglo XX Cubas sigue siendo un pueblo de campesinos, pero empieza a llegar población de vacaciones y fin de semana. En 1920 se establece una delegación de la Real Fábrica de Tapices que dará trabajo a la juventud hasta su cierre en 1936. Sabemos del paso del poeta Miguel Hernández por Cubas durante la Guerra Civil cómo zapador de fortificaciones.
Un rastro más de esta Guerra son las dos placas que permanecen en el cementerio con los nombres de los alemanes de la Legión Cóndor caídos en Cubas.
A finales de siglo comienza a llegar población joven que se instala en las nuevas urbanizaciones de adosados.
Hoy Cubas mantiene su espíritu de pueblo apacible, por el que se puede tranquilamente pasear y saludar sin prisa a los vecinos.
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